Para estudarmos a ligação peptídica, precisaremos visualizar os átomos envolvidos. A representação da estrutura tridimensional dificulta esta visualização. Para facilitar o estudo vamos utilizar uma representação plana desse fragmento:
 

visualizar como estrutura plana

O peptídeo está colorido por aminoácido. Para estudar a estrutura da ligação entre os aminoácidos, vamos visualizar os átomos que compõem cada aminoácido:
 

visualizar átomos

Na seção anterior, foi verificado que as proteínas são constituídas de:
 

carbono

nitrogênio

oxigênio

enxofre

Clique no botão para substituir os átomos representados pela nomenclatura da tabela periódica.
 

substituir representação atômica

Estão representados alguns átomos de hidrogênio (H), importantes para o estudo que se segue.

Observe que há uma regularidade na estrutura ao lado.
 

mostrar regularidade

Os átomos de nitrogênio são sempre intercalados por dois de carbono, formando um "esqueleto". Assim respondemos parte da pergunta do capítulo anterior "Mas como estão ligados os aminácidos?": os aminoácidos estão sempre ligados seqüencialmente uns aos outros. Que outros padrões você observa?

Como a ligação peptídica se dá entre dois aminoácidos, vamos isolar apenas dois deles e analisá-los detalhadamente.
 

isolar aminoácidos

 

quebrar ligação entre os dois aminoácidos

A estrutura ao lado está incompleta. Em representações de proteínas, é comum suprimir os átomos de hidrogênio que, por serem muito numerosos, tornam a figura muito confusa. Para estudar corretamente a estrutura dos aminoácidos, vamos adicionar os átomos de hidrogênio dos grupos que nos interessam.
 

completar átomo de hidrogênio da amina da serina

Agora vamos completar os outros átomos de hidrogênio do grupo amino dos dois aminoácidos.
 

completar átomos de hidrogênio das aminas

 

completar os átomos de oxigênio dos grupos carboxílicos dos dois aminoácidos.

 

exibir o carbono alfa dos dois aminoácidos.

 

exibir os grupos carboxílicos.

 

exibir os grupos amino.

 

exibir cadeias laterais.

Todos aminoácidos possuem uma estrutura idêntica.

A ligação peptídica é estabelecida por uma reação entre o grupo carboxílico de um aminoácido e o grupo amino de outro.
 

exibir grupos que compõem a ligação peptídica.

Vamos estudar essa reação detalhadamente. A ligação peptídica pode ser feita sinteticamente ou nos ribossomos das células. Não vamos entrar em detalhes da síntese de proteínas que ocorre nas células, mas vamos observar apenas a formação de uma ligação peptídica. Primeiramente, vamos ligar os aminoácidos ao tRNA.
 

ligar os aminoácidos ao tRNA

 

formar ligação peptídica

 

mostrar a regularidade do esqueleto formado pelas ligações peptídicas dos dois aminoácidos ligados

Assim, além da regularidade de dois átomos de carbono entre um de nitrogênio, também se observa que ao átomo de nitrogênio liga-se um átomo de hidrogênio e ao átomo de carbono ligado diretamente ao nitrogênio há um átomo de oxigênio ligado. Este átomo de hidrogênio e de oxigênio são bastante importantes para a estruturação de uma proteína, como será visto posteriormente no capítulo Estrutura secundária.

reconstruir peptídeo de 5 aminoácidos