Lembre-se que você pode manipular a estrutura com o mouse.

A formação e a manutenção da alfa-hélice é obtida por pontes de hidrogênio entre os átomos das ligações peptídicas.

Vamos "retirar" as cadeias laterais para facilitar a visualização.
 

desaparecer cadeias laterais dos aminoácidos

Como pontes de hidrogênio se estabelecem entre o átomo de hidrogênio do esqueleto de um aminoácido e o átomo de oxigênio de outro aminoácido, vamos visualizar esses átomos.
 

colorir átomos de oxigênio

Diversos problemas técnicos dificultam a determinação da posição dos átomos de hidrogênio por cristalografia de raio-X, técnica usada para determinar o modelo da difteria toxina. Como o hidrogênio que faz a ponte com o oxigênio é aquele ligado ao nitrogênio, vamos visualizar esse átomo.
 

colorir átomos de nitrogênio

 

mostrar pontes de hidrogênio

A regularidade da alfa-hélice faz com que sua estrutura seja como a de um tubo. As cadeias laterais dos aminoácidos ficam expostas para o lado de fora do tubo evitando impedimento estérico com o esqueleto de aminoácidos e entre si.
 

ver disposição das cadeias laterais

Deve-se lembrar, no entanto, que o interior dessa estrutura secundária não é vazio, uma vez que deve-se considerar que os átomos ocupam mais espaço que o representado no modelo ao lado.
 

visualizar os raios atômicos

Vamos agora visualizar as hélices encontradas na difteria toxina:
 

ver toxina diftérica  inteira

As hélices foram nomeadas de acordo com o domínio (este termo será explicado na próxima seção), ou seja, de acordo com um certo grupo a que pertencem (CH, catalytic helix e TH, transmembrane helix )
 

exibir hélices CH2, CH3, CH4, CH4', CH5, CH5' e CH7

 

exibir hélices TH1, TH2, TH3, TH4, TH4', TH5, TH6, TH7, TH8, TH9

Verifique se há alaninas em meio às hélices.
 

alanina (ALA) na toxina diftérica

Faça o mesmo para prolina:
 

prolinas (PRO) na toxina diftérica

Observe que as prolinas encontradas em alfa-hélices, na verdade localizam-se no fim destas estruturas e jamais no meio.
 

mostrar PRO em alfa-hélice TH9

Movimente a estrutura e observe que a prolina apresentada localiza-se no fim da hélice.

Devido ao fato da prolina ter uma cadeia lateral cíclica envolvendo o grupo amino há uma restrição dos movimentos possíveis da ligação peptídica envolvendo este aminoácido. Por este motivo, a alfa-hélice sofre uma distorção e não se estende a partir deste aminoácido porque não pode mais se manter estável.

Além disso, como a ligação peptídica da prolina envolve uma amida secundária não há um átomo de hidrogênio disponível para que se forme ponte de hidrogênio com os aminoácidos adjacentes na hélice, que estabilizaria a alfa-hélice.