A Mecânica Molecular utiliza a mecânica clássica para a descrição de sistemas. Nesse método, a energia potencial é calculada utilizando-se Campos de Força (Force Fields).
Na mecânica molecular, cada átomo é simulado como uma partícula sólida, para o qual alguns parâmetros como raio (o raio atribuído pode variar de campo para campo), polarizabilidade e constante elétrica são atribuídos. As ligações químicas, por sua vez, são tratadas como molas, para as quais a distância de equilíbrio é definida como um parâmetro, de forma que as perturbações dessa distância sejam consideradas no cálculo de Energia Potencial do sistema.
Em geral, a Mecânica Molecular é utilizada para a descrição de sistemas com elevado número de átomos, nos quais a descrição por cálculos de estrutura eletrônica se faz inviável (principalmente pelo custo computacional). Também é muito utilizada na geração de confôrmeros, na otimização de moléculas com superfície de potencial muito acidentada e no campo de dinâmica molecular.